日治時期
昭和8年(1933年)之前，有日語教育場所設置(年代不詳)。
昭和8年(1933年) 四月，成立日語講習所。
民國時期
民國45年 (1945年)，二次戰後改為台南縣古坑鄉第五國民學校。
民國57年(1968年) ，國民教育改制，改稱為雲林縣古坑鄉樟湖國民小學。
民國98年(2009年) 莫拉克風災與超大豪雨，導致樟湖國小的舊校區外邊坡鬆動，經專家評估後，決議遷校。
民國102年(2013年) ，增設國中部。
民國102年，正式遷校至現址，本校地由長榮張榮發基金會認養與重建，進入樟湖2.0學校計畫，為公辦公營實驗型學校，改稱雲林縣樟湖生態國民中小學。
民國108年，雲林縣政府、誠致基金會、張榮發基金會，樟湖社區共同努力下，進行樟湖3.0學校計畫，引入美國KIPP(Knowledge Is Power Program)學校理念，成為公辦民營實驗型學校，國小部為台灣第四所KIST(KIPP Inspire School in Taiwan)學校，國中部為全台第一所KIST學校。